全系统安装

整个系统的安装将通过标准的包管理器安装必要的服务(PostgreSQL和RabbitMQ),这样它们的启动和关闭主要由操作系统管理。AiiDA(核心)Python包然后由Conda或pip一起安装。

对于大多数用户来说,这是 推荐的 在个人笔记本电脑或工作站上安装AiiDA的方法。

安装必备服务

AiiDA被设计为在 Unix 操作系统上运行,需要 bashzsh ,以及Python >= 3.7。

AiiDA已在Ubuntu 16.04、18.04和20.04版本上进行测试运行

打开一个终端并执行:

$ sudo apt install \
   git python3-dev python3-pip \
   postgresql postgresql-server-dev-all postgresql-client rabbitmq-server

Mac OS X推荐的安装方法是使用 Homebrew

  1. 按照 这个指南 在您的系统上安装Homebrew,如果还没有安装。

  2. 打开一个终端并执行:

    $ brew install postgresql rabbitmq git python
    $ brew services start postgresql
    $ brew services start rabbitmq
    

下面的说明是在WSL 1/2上结合Ubuntu设置AiiDA

  1. RabbitMQ安装:

    • (WSL 1)安装并启动 Windows 原生 RabbitMQ

    • (WSL 2)在WSL内部安装RabbitMQ:

      $ sudo apt install rabbitmq-server
      $ sudo service rabbitmq-server start
      
  2. 安装Python和PostgreSQL:

    $ sudo apt install \
       postgresql postgresql-server-dev-all postgresql-client \
       git python3-dev python-pip
    $ sudo service postgresql start
    
  1. 按照 rabbitmq适用于您的系统的说明 来安装RabbitMQ。

  2. 按照 postgresql适用于您的系统的说明 安装PostgreSQL。

小技巧

或者使用 纯conda安装方法.

安装AiiDA(核心组件)

从PyPI安装aida -core包到虚拟环境。

打开一个终端并执行:

$ python -m pip venv ~/envs/aiida
$ source ~/envs/aiida/bin/activate
(aiida) $ pip install aiida-core
(aiida) $ reentry scan

小技巧

如果激活命令失败,请参阅 venv 手册。根据所使用的shell,激活虚拟环境的确切命令略有不同。

安装aida -core包到Conda虚拟环境。

  1. 确保安装了conda,例如,按照 安装Miniconda手册中的方法

  2. 打开一个终端并执行:

    $ conda create -n aiida -c conda-forge aiida-core
    $ conda activate aiida
    (aiida) $ reentry scan
    

直接从克隆的存储库安装aida -core包。

打开一个终端并执行:

$ git clone https://github.com/aiidateam/aiida-core.git
$ cd aiida-core/
$ python -m pip venv ~/envs/aiida
$ source ~/envs/aiida/bin/activate
(aiida) $ pip install .
(aiida) $ reentry scan

设置配置文件

接下来,我们使用 verdi quicksetup 指令设置一个AiiDA配置档案,并关联数据储存块。

(aiida) $ verdi quicksetup
Info: enter "?" for help
Info: enter "!" to ignore the default and set no value
Profile name: me
Email Address (for sharing data): me@user.com
First name: my
Last name: name
Institution: where-i-work

AiiDA无法自动检测PostgreSQL设置?

如果你得到一个错误,说AiiDA有自动检测PostgreSQL设置的困难,你将需要手动设置 故障排除章节.。

启动verdi守护进程

启动用于运行AiiDA工作流的verdi守护进程。

(aiida) $ verdi daemon start 2

重要

verdi守护进程必须在系统重新启动后重新启动。

小技巧

当系统上有物理处理器时,不要启动更多的守护进程。

检查设置

要检查所有设置是否正确,请执行:

(aiida) $ verdi status
✓ config dir:  /home/ubuntu/.aiida
✓ profile:     On profile me
✓ repository:  /home/ubuntu/.aiida/repository/me
✓ postgres:    Connected as aiida_qs_ubuntu_c6a4f69d255fbe9cdb7385dcdcf3c050@localhost:5432
✓ rabbitmq:    Connected as amqp://127.0.0.1?heartbeat=600
✓ daemon:      Daemon is running as PID 16430 since 2020-04-29 12:17:31

现在,你就拥有了一个可使用的AiIDA环境了,你可以向其中增加或提取数据。

缺少一个勾号还是有其他问题?

请参见故障排除章节.

What’s next?